Mikrobiologi perubatan, subset besar mikrobiologi digunakan untuk perubatan, ialah cabang sains perubatan yang berkaitan dengan pencegahan, diagnosis dan rawatan penyakit berjangkit. Selain itu, bidang sains ini mengkaji pelbagai aplikasi klinikal mikrob untuk peningkatan kesihatan. Terdapat empat jenis mikroorganisma yang menyebabkan penyakit berjangkit: bakteria, kulat, parasit dan virus, dan satu jenis protein berjangkit yang dipanggil prion.Seorang ahli mikrobiologi perubatan mengkaji ciri-ciri patogen, cara penghantarannya, mekanisme jangkitan dan pertumbuhan. Kelayakan akademik sebagai Pakar Mikrobiologi Klinikal/Perubatan di hospital atau pusat penyelidikan perubatan secara amnya memerlukan ijazah Sarjana Muda, dan di sesetengah negara pula, Sarjana dalam Mikrobiologi bersama Ph.D. dalam mana-mana sains hayat diperlukan (biokimia, mikrobiologi, bioteknologi, genetik, dsb.).[1] Pakar mikrobiologi perubatan selalunya berkhidmat sebagai perunding pakar perubatan, menyediakan pengenalpastian patogen dan mencadangkan pilihan rawatan. Melalui maklumat ini, rawatan boleh dibuat. Tugas lain mungkin termasuk mengenal pasti risiko kesihatan yang berpotensi kepada komuniti atau memantau evolusi strain mikrob yang berpotensi menular atau bertahan, mendidik masyarakat, dan membantu dalam reka bentuk amalan kesihatan. Mereka juga boleh membantu dalam mencegah atau mengawal wabak dan wabak penyakit. Tidak semua ahli mikrobiologi perubatan mengkaji patologi mikrob; sesetengah mengkaji spesies biasa bukan patogen untuk menentukan sama ada sifatnya boleh digunakan untuk membangunkan antibiotik atau kaedah rawatan lain.Epidemiologi, kajian tentang corak, punca, dan kesan keadaan kesihatan dan penyakit dalam populasi ialah bahagian penting dalam mikrobiologi perubatan, walaupun aspek klinikal bidang tersebut tertumpu terutamanya pada kehadiran dan pertumbuhan jangkitan mikrob dalam individu, kesan terhadap tubuh manusia, dan kaedah merawat jangkitan tersebut. Dalam hal ini, keseluruhan bidang, sebagai sains gunaan, boleh dibahagikan secara konsep kepada subkepakaran akademik dan klinikal, walaupun pada hakikatnya terdapat kesinambungan bendalir antara mikrobiologi kesihatan awam dan mikrobiologi klinikal, sama seperti keadaan dalam makmal klinikal bergantung kepada penambahbaikan berterusan dalam perubatan akademik dan makmal penyelidikan.